Nel 1999-2000, il lavoro di Francesco Clemente è presentato in una grande retrospettiva al museo Salomon R. Guggenheim, in cui vengono esposte le famose collaborazioni degli anni ottanta.
 | Opere su carta
A Villa delle Rose continua la retrospettiva dedicata alle opere su carta di Clemente, che non espone le sue opere in Italia da quasi vent'anni. Questa, infatti, è la prima personale che gli viene dedicata da un museo italiano. La mostra, organizzata dalla Galleria d'Arte Moderna di Bologna, presenta circa 200 opere tra disegni, acquerelli e pastelli, realizzate a partire dal 1980. |
 Pessimist rose
|  Water and wine
|  Morton Feldman |
Nella sua produzione Clemente manifesta un eclettico interesse per numerose tecniche espressive, dalla pittura ad olio al mosaico, dall'affresco all'incisione, alla scultura, ma ha sempre avuto un rapporto privilegiato con il disegno
A partire dagli anni ‘70 produce numerose opere su carta, dove si fondono simboli astratti, figure umane, accenni di graffiti e suggestioni decorative; il suo vocabolario visivo, infatti, è rappresentato da ideogrammi, che provengono alla tradizione orientale, dall'occidente classico e dalla cultura popolare del cinema e della televisione.
I suoi lavori sono strutturati come appunti di un diario di viaggio, che a volte non è semplicemente geografico ma anche interiore, per questo tra i temi ricorrenti nella sua opera emergono l'autoritratto e l'indagine sul corpo umano.