Nel 1887 dipinse la Mater afflictorum (conservata a Strasburgo) e nel 1900 la Regina angelorum, appartenente a una collezione privata parigina.
Di tema più cupo sono le decorazioni murali che eseguí sia nella cattedrale di La Rochelle, sua città natale, sia nelle chiese parigine di Sainte-Clotilde, Saint-Augustin e Saint-Vincent-de-Paul.
Nel 1850 Bouguereau vinse il Prix de Rome una borsa di studio per artisti che consentiva al vincitore di usufruire di un soggiorno sul suolo italiano.
Membro dal 1881 dell'Institut de France, diresse e animò assieme Alexander Cabanel il Salon di Parigi, in cui espose molti dei suoi lavori.
Le sue opere non furono mai molto apprezzate dalla critica del tempo: l'indifferenza che le circondava era dovuta anche, probabilmente, alla repulsione che Bouguereau aveva per l'impressionismo, verso il quale si era dimostrato molto critico in occasione del Salon des Refusés.
Una riscoperta e valorizzazione dei suoi lavori si è avuta solo nella seconda metà del Novecento.
